2001. godine obelodanjeno je postojanje masovne grobnice u beogradskom predgrađu Batajnica. Grobnice su sadržale više od 700 ljudskih tela, koja su tokom NATO bombardovanja Srbije 1999. godine iskopavana iz primarnih masovnih grobnica na Kosovu i prevožena kamionima hladnjačama na tajne lokacije u Srbiji. Danas, 15 godina kasnije, uprkos činjenici da se najveća masovna grobnica nalazila nedaleko od samog centra Beograda, i da je među telima pronađeno i sedamdeset petoro dece – na mestu masovne grobnice nema nikakvog obeležja niti spomenika, a skoro niko danas u Srbiji ni ne zna za ovaj slučaj niti priču iza njega. Ona je i dalje javna tajna.
U pokušaju da otkrije, rasvetli i da glas ovim pričama, i dalje zakopanim u tišini, „Dubina dva“ se obraća direktno doživljajima, mašti i osećanjima gledaoca.